Das bestehende Schöpfwerk Bodenheim liegt am Straßendamm der B 9 innerhalb des zukünftigen Rückhalteraums, ist daher zukünftig nicht hochwassersicher und muss durch ein neues Schöpfwerk ersetzt werden. Die Pumpen, Rechen und elektrischen Anlagen werden rückgebaut und die Hochbauten abgebrochen.

Der existierende Durchlass DN 1600 (Freiauslauf und Druckleitung zum Rhein) einschließlich Absperrschieber wird beibehalten und zukünftig weiter genutzt. Die neue Druckleitung DN 1000 wird im Bereich der Pumpenkammern des Schöpfwerks in den vorhandenen Durchlass eisngeleitet.
Etwa 450 m westlich des bestehenden Schöpfwerks wird ein neues Schöpfwerk gebaut, dass die Funktion des alten übernimmt.
Die zukünftigen Abflussverhältnisse im Grabensystem sowie die Betriebszustände des neuen Schöpfwerks Bodenheim lassen sich in die folgenden drei Fälle unterscheiden:

1. Abfluss des Leitgrabens in freier Vorflut in den Rhein (bis ca. 82,15 mNN)
Es ist kein Schöpfwerksbetrieb erforderlich.

2. Freiauslauf im B 9 Straßendamm wegen hoher Rheinwasserstände geschlossen
Der Betrieb des Schöpfwerks erfolgt in Abhängigkeit des Wasserstandes, der mittels Pegel unmittelbar oberhalb des Pumpeneinlaufs erfasst wird. Überschreitet der Wasserstand im Graben den Einschaltpegel, geht die erste der drei Pumpen in Betrieb und pumpt über die neue Druckleitung in den Rhein. Unterschreitet der Wasserspiegel einen kritischen Wasserstand, den Ausschaltpegel, schaltet die Pumpe ab. Bei großen Zuflüssen werden die zweite und die dritte Pumpe zugeschaltet.

3. Einsatzfall der Hochwasserrückhaltung
Vor Flutung der Hochwasserrückhaltung werden die Schieber im Freiauslauf geschlossen. Der Betrieb des Schöpfwerks erfolgt wie im Fall 2 beschrieben wasserstandsabhängig, jedoch werden lediglich die Abflüsse des Leitgrabenssystems von Bodenheim kommend gepumpt. Die Abflüsse des Eichelsbachs fließen dem Schöpfwerk Nackenheim zu und werden in den Polder gepumpt. Es wird bis zu 1,5 m³/s über die neue Druckleitung in den Rhein gepumpt.