Der Polder dient durch seine Wasserrückhaltung dem Hochwasserschutz insbesondere am Mittelrhein. Bei auflaufenden Hochwässern des Rheins können entsprechend dem Planfeststellungsbeschluss ab einem 5-jährlichen bzw. müssen ab einem 20-jährlichen Hochwasserereignis die Rückhaltevolumen des Polders aktiviert werden, wodurch auf einer Gesamtfläche von 162,2 ha bis zu 4,454 Mio. Kubikmeter Wasser zwischengespeichert werden. Hieraus resultiert unterhalb des Polders eine Wasserspiegelabsenkung und Abflussverzögerung des Rheins. Die Flutung des Polders kann durch das Absenken der Fischbauchklappen des Einlaufbauwerkes zeitlich gesteuert werden. Das aktivierbare Rückhaltevolumen hängt vom Wasserstand des Rheines ab, das oben genannte maximale Volumen ist für den Auslegungsfall 200-jährliches Hochwasser ermittelt worden.
Die Flutung wird durch die Regionalstelle Wasserwirtschaft, Abfallwirtschaft, Bodenschutz in Mainz der SGD Süd des Bundeslandes Rheinland Pfalz veranlasst, der Flutungszeitpunkt wird in Abhängigkeit der aktuellen Rheinwasserstände festgelegt.
Zusätzlich wird durch die Maßnahme eine ökologische Flutungsfläche innerhalb des Polders bereitgestellt, die schon bei ca. 1-jährlichen Hochwässern des Rheins eingestaut wird.
Um die Anbindung des Polders an den Rhein zu erreichen wurde der ehemalige Altarm „Alte Sandlach“ oberstromig wieder an den Rhein angebunden. Von diesem Altarm aus, erfolgt die Anbindung des Ein- und Auslaufbauwerkes zur Flutung des Polders sowie die Beschickung der ökologischen
Flutungsfläche über den direkt östlich vom Ein- und Auslaufbauwerkes gelegenen ökologischen Flutungsdurchlass.
Das Ein- und Auslaufbauwerk besteht im Wesentlichen aus zwei Fischbauchklappen mit den für die Bedienung erforderlichen Antrieben sowie der zugehörigen Elektrotechnik. Die Flutung des Polderraums erfolgt durch das Umlegen dieser beiden Fischbauchklappen. Das Ein- und Auslaufbauwerk ist in den nördlichen Rheindeich eingebunden.
Der ökologische Flutungsdurchlass gewährleistet eine regelmäßige Flutung der hierfür vorgesehenen Teilbereiche des Polders bis zu einem 2-3-jährlichen Hochwassers. Hierdurch werden ökologisch wertvolle Lebensräume erzeugt. Bei steigendem Rheinwasserspiegel wird der Durchlass automatisch verschlossen.
Vor einer Hochwasserflutung des Polders werden die bestehenden Durchlässe im nördlichen Rheindeich Münzengraben und Brückweggraben geschlossen. Dies erfolgt mittels wasserstandsabhängig gesteuerten Schiebern. Die neuen Durchlässe im Polderdeich Ost werden im Flutungsfall ebenfalls geschlossen. Die im östlichen Binnenland anfallenden Oberflächenwässer werden dem Schöpfwerk am südlichen Durchlass des Polderdeichs Ost zugeleitet und von dort in den Polder gepumpt.
Zum Schutz von bestehenden Gebäuden im Umfeld des Polders sind verschiedene Schutzmaßnahmen realisiert worden. Die Schutzmaßnahmen umfassen einen Brunnen am Wasserwerk Badweg, 5 Brunnen bei der Ortslage Frei-Weinheim zum Schutz gegen zusätzlich schadbringenden Grundwasseranstieg und eine Pumpe im IKA-See zur Stabilisierung des Seewasserspiegels. Bei einem Poldereinstau werden die Schutzbrunnen ab einem vorgegebenen Grundwasserspiegel automatisch in Betrieb genommen. Diese regulieren dann den Grundwasserstand automatisch auf das zulässige, unschädliche Niveau.
Die Entleerung des Polders erfolgt sukzessive mit fallendem Rheinwasserstand über das Ein- und Auslaufbauwerk. Die Fischbauchklappen bleiben hierfür während der Entleerung umgelegt bis der Rheinwasserspiegel unter die Schwelle des Ein- und Auslaufbauwerkes sinkt. Die Restentleerung des Polders unterhalb dieses Schwellenniveaus wird ebenfalls manuell durch das Öffnen der Durchlässe Münzen- und Brückweggraben eingeleitet.